La mention la plus ancienne remontant au périple du Pseudo Scylax (IVème s. av. J.-C.), fait de « Lixos » une ville phénicienne. Des indications un peu plus détaillées sont fournies par d’autres textes antiques, en particulier celui de Pline qui place l'un des exploits d'Hércule (la cueillette des pommes d'or des jardins des Héspérides) à lixus et présente Lixus comme la plus ancienne colonie phénicienne de l'occident méditerranéen (XIIème s. av. J.-C.
Si la tradition littéraire situe la
fondation de Lixus au XIIème s. av. J.-C., la réalité archéologique ne permet pas de remonter au-delà du premier tiers du VIIIème s. av. J.-C. Le matériel phénicien recueilli en plusieurs endroits de la ville indique que la ville phénicienne devait occuper une grande partie de l’acropole et ses pentes orientales. Les recherches récentes entreprises dans le sondage du caroubier ont permis de repérer, pour la première fois, des structures d’époque phénicienne. La diversité et la richesse du matériel exhumé à Lixus dénote l’importance du rôle qu’a du jouer la ville en tant que métropole et port ouvert aux circuits commerciaux de Méditerranée.
A partir du 3e s. av. J.-C. la ville de Lixus allait connaître un développement urbain important dont témoigne le quartier d’habitat délimité par l’enceinte maurétanienne.
Vers la fin du premier siècle av. J.-C., la ville de Lixus va assister à une phase de "prospérité" urbaine caractérisée par un souci d'aménagement de l'espace dans la ville. Cette prospérité se manifeste dans la riche décoration des maisons attestées par des restes d'enduit peint découverts sur plusieurs murs et dans les remblais. Sous le règne de Juba II et de son fils Ptolémée, Lixus a connu une période de prospérité et un développement urbain sans précédent qui se manifeste par le complexe du quartier des temples.
A partir de 42 de l’ère chrétienne, sous le règne de l’empereur Claude, Lixus devient colonie romaine, et on assiste à un grand développement économique et urbain de la ville. La pêche et les industries de salaisons ont fait de Lixus une métropole économique en Méditerranée occidentale. De même la richesse de l’arrière pays de la ville a favorisé le développement de l’agriculture. La ville se dote à cette époque de plusieurs monuments publics (théâtre-amphithéâtre, thermes, temples) et des demeures privés richement décorées de fresques et de mosaïques (mosaïque de Mars et Rhéa, mosaïque des trois Grâces, mosaïque d’Hélios). A la fin du 3ème s. et au 4ème s., la ville se replie sur elle même avec la construction d’une enceinte qui réduit de moitié la superficie initialement habitée.
